1740年卡尔六世去世玛丽娅？特蕾西娅继承王位，历10代君主，这二百多年亦是欧洲历史上战争最多的时期。之后欧洲两大阵营为了争夺奥地利王位和在奥地利获取利益爆发了奥地利王位继承战争。

1504年卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉(isabeofcastile)病逝。由于，她与阿拉贡国王费迪南二世(ferdinandiiofaragon)所生的儿子都不幸夭折，在伊莎贝拉身故以后，女王储胡安娜(joannathemad)继承卡斯蒂利亚王位。神圣罗马皇帝马西米连一世的儿子菲利浦以胡安娜的王夫的身分，和岳父费迪南一起监国。1516年，费迪南病逝后，胡安娜和菲利浦的儿子，勃艮地公爵查理(西班牙语名:卡洛斯；德语名：卡尔，也就是后来的查理五世)继承西班牙(卡斯蒂利亚和阿拉贡)王位，是为卡洛斯一世，其后于1556年将西班牙王位让与其子菲利浦二世(hiliii)，并废除了菲利浦及其后裔继承奥地利爵位的权利，正式揭开了西班牙哈布斯堡王朝的序页。

1700年，西班牙国王卡洛斯二世的去世，结束了哈布斯堡家族对西班牙历5代的统治。在宫廷权贵的压力下，他把王位传给了他的姑母，菲利浦三世之女玛丽亚？特蕾莎与法王路易十四的孙子安茹公爵菲利普（也就是后来的腓力五世），对此强烈不满的哈布斯堡奥地利分支与英国结盟，与法国开战，史称西班牙王位继承战争，最终西班牙波旁王朝将西属尼德兰、那不勒斯王国、撒丁岛、西西里岛以及其他一部分意大利领地归还奥地利，以换取奥地利承认波旁王室的西班牙王位继承权。

一次差不多的时间里，哈布斯堡王朝的另外一个分支也不是很好，1740年10月20日，神圣罗马帝国皇帝卡尔六世去世。卡尔和他的兄长都没有男性后裔，因此他的长女玛丽亚？特蕾莎继承了他奥地利大公、波希米亚和匈牙利的王位。而他的女婿洛林公爵弗朗茨于1745年9月13日，当选神圣罗马皇帝。此后，弗朗茨皇帝将妻子的姓氏加在自己姓氏的前面，他们的后裔都采用“哈布斯堡-洛林”的姓氏。自此，奥地利进入哈布斯堡-洛林皇朝，而弗朗茨皇帝和玛丽亚？特里萨皇后成为皇朝的创始人。皇朝历经数次变故，包括1806年，法皇拿破仑一世解散神圣罗马帝国。但当时的哈布斯堡君主，前神圣罗马皇帝弗朗茨二世早于1804年整合各哈布斯堡领地，改称奥地利皇帝弗朗茨，以回应拿破仑称帝。1867年，为了化解普奥战争失利对帝国的冲击，奥地利帝国又改称为奥匈帝国，对奥地利帝国与匈牙利王国实施二元统治。皇朝因第一次世界大战失败而1918年被推翻。奥匈帝国随即遭到肢解，奥地利成立共和国，哈布斯堡皇室被迫流亡海外。

西班牙的哈布斯堡王朝于1700年绝嗣而亡，而奥地利的王朝于1740年绝后，随即被分支哈布斯堡-洛林皇朝取代，直至1918年帝国被共和国取代。今日，部分哈布斯堡王族后裔依然生存，分别定居于奥地利、列支敦士登和德国，现时他们的族长是奥地利末代皇储、曾任欧洲议会议员的奥托？冯？哈布斯堡。至此哈布斯堡王朝可以说就退出了人们的视线了。

哈布斯堡王朝是欧洲历史上最为重要、影响力最大、统治地域最广的王室家族，该家族成员曾出任过奥地利、匈牙利、比利时、荷兰以及德国等国君主。可是到18世纪，这个家族却突然衰落，其原因令人困惑。然而科学家们最新研究发现，近亲结婚可能是导致这个欧洲皇室家族衰落的主要原因。

哈布斯堡王室家族成员流行与他们亲属结婚的传统，以此保持家族血统纯正。但此举却对他们的后代产生可怕的结果，这些遗传疾病在最后一位直系继承人查尔斯二世身上的表现最明显。

查尔斯二世绰号“中魔者”（西班牙语：elhechizado），因为当时的人们认为，查尔斯二世的身体和心理疾病是巫术诅咒造成的结果。直到四岁后，查尔斯二世才会讲话；直到8岁后，他才会走路；他的个子很矮，身体也相当纤瘦而且孱弱；他对周围的一切事物几乎都不感兴趣；他30岁的时候，看起来却老态龙钟，腿、脚、腹部以及脸上都浮肿；在他去世前的几年，他几乎不能自己站立，还遭受着幻觉和痉挛的折磨。

科学家们的研究显示，由于遗传祖先紊乱基因，查尔斯二世至少遭受两种遗传疾病的困扰。一种是造成荷尔蒙失衡的垂体激素不足，影响了他的生长发育；第二种是肾疾。此外，查尔斯二世还患有家族成员特有的“哈布斯堡唇（下颌前突畸形）”畸形，他的舌头很大，以至于他说话困难，经常流口水。他的头也太大，肠道位置颠倒，身体经常抽搐等。

拒查尔斯二世身体畸形，并有严重的健康问题，但他依然结过两次婚，希望继续维持哈布斯堡王朝的统治。但是直到他39岁去世，也没有留下任何继承人，哈布斯堡王朝在西班牙的直系从此灭亡。

在查尔斯二世之前的200年中，11次婚姻中有9次是近亲关系，包括两对叔叔和侄女的婚姻，两对第一代堂兄妹
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